Tác dụng phổ biến nhất của thuốc Berberin là điều trị bệnh tiêu chảy do vi khuẩn hoặc do ký sinh đường ruột gây ra. Người ta còn sử dụng Berberin để bào chế thành thuốc nhỏ mắt dùng để điều trị bệnh viêm kết mạc, điều trị đau mắt hột và đau mắt đỏ do chịu những kích ứng từ môi trường bên ngoài ( nắng, gió, bụi…). Thuốc Berberin còn có thể sử dụng để ngăn ngừa nấm, bội nhiễm nấm và chống lại những tác hại của các vi khuẩn tả, E.coli...

Chất bổ sung berberine tự nhiên có hữu ích cho việc chữa trị bệnh tiểu đường hay không? Những nghiên cứu ban đầu trên cả động vật và người bị bệnh tiểu đường tuýp 2 cho thấy rằng berberine là một chất bổ sung tuyệt vời cho một chương trình điều trị tự nhiên tổng thể để kiểm soát cả đường huyết và mỡ máu (cholesterol, triglyceride).